垃圾治理水平是衡量一個國家和地區人居環境優良程度的重要標志。當前，我國農村垃圾治理已成為影響農村人居環境改善的緊迫問題。加快農村垃圾治理，不僅可以完善農村社會管理和公共服務，也可改善農村人居環境，提高農村可持續發展能力。農村垃圾治理既需要全民共同努力，又需要政府在制度供給、財力支持、社會動員、技術攻關和產業配套等多方面展開有力行動。
首先，改革現有農村垃圾管理體制，建立綜合機構統籌管理農村垃圾事務。目前，我國農村垃圾處理仍以現狀管理為主，預防性管理嚴重缺位，呈現多頭管理格局，沒有實現分級管理，缺乏協調機制。事實上，農村垃圾管理是一項系統工程，具有很強的專業性、社會性和廣泛性。應將垃圾分級管理職能集中于一個主管部門，綜合協調垃圾管理中的相關事務，由城市向農村延伸，形成城鄉統籌、自上而下、縱橫到位的農村垃圾管理體系。同時，加快改革現有社會管理體系，建立責任明確、渠道暢通、保障有力的垃圾回收利用體系，明確各方主體的責任和居民配合垃圾治理的義務。
其次，創新農村垃圾治理理念，建立完善的公眾參與農村垃圾治理的機制。應由國家專業部門獨自治理轉變為村民廣泛參與，從過去單一的環境安全目標轉變為環境、資源和經濟效益多贏的目標。利用覆蓋面廣的農村公共文化服務資源，積極宣傳農村垃圾治理的緊迫性，對村民進行垃圾分類意識培養和農村垃圾分類知識普及。發揮農村基層政府和居委會、村委會在垃圾治理中的自主作用，提高公眾參與垃圾治理的積極性，支持各類志愿者組織的活動。通過公眾參與政策制定、目標分解、規劃公示、污染監督、權益維護等過程，實現農村垃圾治理的民主化。注重發揮基層組織的自治作用和農民的主體作用，引導農民參與垃圾治理，推行垃圾治理的“村民行動計劃”，推動村民主動參與治理過程。
三是實行農村垃圾分類投放，建立垃圾分類保障機制。垃圾源頭分類，不僅有利于垃圾減量，而且使分類處理成為可能。應明確農村垃圾分類各相關主體在垃圾分類中的權利和責任，形成一套成熟的符合我國農村居民生活習慣的垃圾分類模式，同時建立垃圾分類保障機制。對垃圾分類相關主體展開垃圾分類義務培訓，管理垃圾收集和運輸企業執行分類作業，組織、指導并監督居民進行垃圾分類，建立與垃圾分類模式對應的回收處理渠道。
四是按照可持續發展理念，探索“全資源化”垃圾處理方式。面對農村日益增長的垃圾產量，要建立循環利用機制，將其納入相關經濟政策來調節,逐步讓農村垃圾處理變成產業。要改變過去先污染再治理的模式，積極投入資金研發適合農村的先進垃圾處理技術，提高垃圾處理的能源化、產業化和無害化水平。利用現代科學技術，逐步嘗試“全資源化”垃圾處理方法，在對增量垃圾充分資源化利用的前提下，將原有被填埋的農村存量垃圾進行再度資源化利用。
五是統一規劃農村地區垃圾治理，優化垃圾處理方式和場地布局。要對農村垃圾治理方式制定導向性政策，不僅將農村垃圾治理列入地方發展規劃，要求發展規劃必須有垃圾治理的約束性指標，還要納入地方政府目標考核中，與經濟社會各項指標一并規劃、部署和落實，特別要嚴格考核問責。根據農村垃圾源的特點以及運輸路線的不同，對垃圾桶配置、中轉站布局、清運車運行、垃圾處理設施建設等都應有相應規劃。目前，最為緊迫的任務是進行農村地區垃圾基礎設施的規劃和建設，包括垃圾分類設施、垃圾收運設施和垃圾處理設施的建設。合理制定區域垃圾清理體系，建立符合農村人居環境要求的垃圾收集、運輸和處理系統，杜絕或減少垃圾收集、運輸過程中造成的二次污染。同時，引導并鼓勵社會資金參與農村垃圾處理設施建設和運營，逐步實現投資主體多元化、運營主體企業化、運行管理市場化。